首先，自动装盒机的速度受限于下说明书和下药板的速度，装盒机的设计应该充分考虑这点，以提高装盒速度，设计应该更加合理。

第二，自动装盒机长时间高速运行后，其稳定性会比较差，为了达到运行更加平稳，应该多使用伺服系统。

第三，长时间运行后精度达不到要求，同步性不好，要提高装盒机的可靠性。

第四，对产品的适应性低，功能比较单一，适应面太窄，对要进行装盒的药品的形状、体积等有严格的要求。

第五，自动装盒机运行可靠性不高，需要经常进行维修而影响生产进度。

第六，生产效率不够高，运行速度慢，自动化程度不高。

第七，自动装盒机对说明书的尺寸偏差很敏感，对说明书的尺寸偏差要求应小于±0.5mm，日常使用装盒中经常会出现因为说明书太薄而卡机的现象，有时候会因为纸盒的尺寸出现略微的偏差而造成纸盒不容易打开或者卡机的现象。